Μεταξύ των αμπελώνων της Κύπρου συναντάμε δεκαπέντε περίπου ποικιλίες οι οποίες μπορεί να θεωρηθούν αυτόχθονες στο νησί. Τα τελευταία χρόνια οι γηγενείς ποικιλίες κρασοστάφυλων υπερτερούν στις προτιμήσεις των ντόπιων παραγωγών ως μέσο προώθησης της κυπριακής παράδοσης.


Μαύρο: Πρόκειται για την κυρίαρχη ποικιλία αμπελιού Κύπρου, η οποία παράγει ερυθρό κρασί, ισορροπημένο, ελαφρώς στυφό με πολλές τανίνες, διακριτικό άρωμα και χρώμα, το οποίο δεν επιδέχεται μακρά παλαίωση. Οι αμπελώνες του Μαύρου καλύπτουν το μεγαλύτερο μέρος της έκτασης του συνόλου παραγωγής του νησιού (79%). Αν και θεωρείται γηγενής ποικιλία της κυπριακής γης, σύμφωνα με τον Δρ.Pierre Galet καλλιεργείται εξίσου στην Κρήτη και τα Κύθηρα. Το Μαύρο αποτελεί μία από τις δύο ποικιλίες (σε συνδυασμό με το Ξυνιστέρι) που χρησιμοποιούνται για την παραγωγή της Κουμανδαρίας.

Ξυνιστέρι: Αποτελεί τη μεγαλύτερη λευκή οινοποιήσιμη ποικιλία σταφυλιού του κυπριακού αμπελώνα. Παράγει εξαιρετικά ανοιχτόχρωμο κρασί, με χαμηλά επίπεδα αλκοόλης και χαμηλή οξύτητα, ειδικότερα όταν εξάγεται από τις περιοχές της Λάονας Ακάμα, του Αμπελίτη, του Βουνιού Παναγιάς και της Πιτσιλιάς και σε μερικές περιοχές των Κρασοχωριών. Το όνομα της ποικιλίας αυτής εμφανίστηκε για πρώτη φορά το 1893 από τον Γάλλο καθηγητή Mouillefert ο οποίος παρείχε πλήρη περιγραφή του αμπελιού και πληροφορίες για την καλλιέργειά του. Το Ξυνιστέρι, σε συνδυασμό με το Μαύρο, χρησιμοποιείται για την παραγωγή της Κουμανδαρίας και άλλων γλυκών και ξηρών λευκών οίνων.

Μαραθεύτικο ή Βαμβακάδα:  Ερυθρή ποικιλία που απαντάται σε ολόκληρη την έκταση της Κύπρου. Το Μαραθεύτικο καταγράφηκε για πρώτη φορά το 1893 από τον Mouillefert  με το όνομα «Μαραθόφικο». Θεωρείται ποικιλία ανώτερης ποιότητας η οποία προσφέρει πολύ συμπυκνωμένο οίνο, πολύ έντονα χρωματισμένο και με πλούσιο σώμα με ένα ξεχωριστό, ελαφρώς φρουτώδες άρωμα κερασιών και βατόμουρων. Παρόλα αυτά, η εξάπλωσή του είναι δυσκολότερη σε σύγκριση με το Μαύρο αφού αφενός είναι πολύ ευαίσθητο στη μούχλα και αφετέρου χαρακτηρίζεται από μεγάλη πτώση ανθέων η οποία δυσκολεύει την παραγωγή.

Λευκάδα: Ελληνική ερυθρή ποικιλία η οποία καλλιεργείται στην Κύπρο και απαντάται σε μεμονωμένες περιπτώσεις ανάμεσα στους αμπελώνες της Πιτσιλιάς και της Παναγιάς. Μετά την ωρίμανση, η ποικιλία αυτή παράγει αρκετά στυφό καρπό με έντονο κόκκινο χρώμα και έντονο, χαρακτηριστικό άρωμα το οποίο όμως εξαφανίζεται εύκολα κατά τη διαδικασία της παλαίωσης.

Πρωμάρα: Λευκή ποικιλία η οποία παράγει αρωματικό οίνο. Τα δείγματα που συλλέγονται προέρχονται από τους αμπελώνες του Ομόδους και της Κυπερούντας. Η ποικιλία που είναι γνωστή ως Μπαστάρτικο και βρίσκεται στην περιοχή της Παναγίας είναι πανομοιότυπη με αυτήν της Πρωμάρας. Το τσαμπί της ποικιλίας αυτής είναι μεσαίου μεγέθους, κωνικό, και αρκετά συμπαγές και τα σταφύλια της μικρά, ωοειδή και πρασινοκίτρινα.

Σπούρτικο: Λευκή ποικιλία της οποίας το όνομα προέρχεται από τη χυμώδη φύση των σταφυλιών της, των οποίων το εύθραυστο δέρμα διαχωρίζεται εύκολα. Η ποικιλία αυτή έχει βρεθεί σε αρκετούς αμπελώνες του Ομόδους, της Κυπερούντας και της περιοχής Παναγιά. Το κρασί που παράγεται από την ποικιλία αυτή χαρακτηρίζεται από ανοιχτό κίτρινο χρώμα με αρώματα λουλουδιών.

Γιαννούδι: Ποικιλία με μαύρη στειρότητα, σταφύλια ωοειδή, μεγάλα, με χρώμα μπλε-μαύρο, σαρκώδη και άχρωμο χυμό. Πρόκειται για ποικιλία που δίνει κρασί με έντονο χαρακτηριστικό άρωμα και υψηλή οξύτητα.